为了加强对实验室各课题组研究工作的管理，在实验室内形成竞争的学术空气以及流动淘汰的原则，经实验室主任会议研究决定，建立作物遗传改良国家重点实验室学术年会评估制度。
1、进入实验室工作的各课题组，每年都必须向实验室汇报当年在研究课题研究工作进展情况，内容包括，本课题的研究方向、主要研究内容、研究工作进展，研究工作水平和在国内外所处的位置以及下年度的工作设想。
2、配合学术年会评估制度的建立，实验室成立相应评估领导小组，评估小组成员由实验室的校内学术委员和实验室正副主任组成，并具体负责各课题组的评估工作。
3、评估领导小组必须全面、公正、合理、事实求是地对各课题组的研究工作的方向、内容、在国民经济中作用、学术价值以及在国内外的水平等几个方面进行认真评估，分别按照优、良、不合格三个层次给予定性计分。
4、在上述五个评估指标中，如连续两年被评为不合格，应当自动离开实验室。